Mt.TAKAO号を利用するにあたり、最も注意しなければならないのが「下り列車（高尾山口行き）の途中駅乗降不可」という運行仕様です。新宿を発車した下り列車は、明大前や調布などの主要乗換駅をすべて通過し、高尾山口までノンストップで走行します。「途中の府中や高幡不動で友人と合流する」「調布から乗車する」といった使い方は一切できません。
これに対し、夕方以降に高尾山口を出発する上り列車（新宿行き）は運行形態が異なります。上り便は高尾山口を発車後、めじろ台、高幡不動、聖蹟桜ヶ丘、分倍河原、府中の各駅で乗車扱いを行い（降車は不可）、降車専用駅として明大前と新宿に停車します。往路と復路で停車パターンが異なる点は、グループ行動や途中合流を計画する際の落とし穴になりがちです。
また、車内で座席指定券を購入する場合は手数料加算（一律700円）が発生するほか、満席時は座席指定券を持たない乗客の乗車自体が断られます。必ず改札を通る前に座席指定券を確保しておくことが鉄則です。
