ステージの節目に待ち受ける中ボスは、ステージ攻略における最初の関門であり、撃破後には強力なコピー能力を必ず提供してくれるボーナス的存在でもあります。中ボスたちは一般的な雑魚敵と異なり、体力をゼロにして気絶させた状態でなければ吸い込むことができません。
シリーズを象徴する歴代中ボスの代表格と、提供されるコピー能力の関係性は以下の通りです。
・ボンカース（ハンマー）：巨大な木槌を振り回し、ヤシの実爆弾を投げてくるゴリラのような中ボス。撃破して吸い込むことで、ボス戦における最高峰の火力を誇る「ハンマー」が手に入ります。
・Mr.フロスティ（アイス）：オーバーオールを着たトドのような姿の中ボス。突進や氷のブロックを投げつける攻撃を行い、吸い込むと「アイス」を獲得できます。
・ギガントエッジ（ソード）：巨大な剣と盾で身を固めた重装歩兵。堅牢なガードと鋭い斬撃を繰り出し、撃破によって上位の剣技を扱えるようになります。
・バグジー（スープレックス／バックドロップ）：巨大なクワガタムシの姿をした格闘系中ボス。素早い突進でカービィを捕獲し、空中へ投げ飛ばすプロレス技を連発してきます。
中ボス戦は、画面がスクロール停止し「1対1の対戦格闘」のような緊迫感を生み出す構造になっています。リスクを冒して中ボスを倒すことで、その後のステージ進行やボス戦が劇的に有利になるという絶妙なゲームバランスが、30年以上にわたり洗練され続けています。
