啓明学院を語るうえで最大の焦点となるのが、関西学院大学への内部推薦枠の運用実態です。2002年に関西学院と継続的教育連携を締結して以降、同校は「関学の系属校」としての地位を確立し、現在では卒業生約250名中、毎年220名前後（約85%〜90%超）が関西学院大学の各学部へ推薦入学を果たしています。
学校関係者への取材や公式公表資料によると、推薦枠は法学部・経済学部・商学部・文学部・総合政策学部・国際学部・理系学部（理学部・工学部・生命環境学部・建築学部）など、文系・理系を問わず全学部に割り振られています。しかし、「入学すれば無条件で関学に行ける」という認識は明白な誤解です。学内推薦を獲得するためには、以下の明確なハードルをクリアしなければなりません。
第一に、高校3年間の定期考査に基づいた全体の評定平均値です。各学部ごとに求められる基準点（概ね5段階評価で3.0〜3.5以上、人気学部ではそれ以上）を維持することが最低条件となります。第二に、英語外部検定試験（英検2級以上やTOEIC Bridge、GTEC等）のスコア基準です。近年、グローバル化を進める関西学院大学側の要請もあり、語学基準の重要性は年々高まっています。
さらに啓明学院独自の評価軸として、「礼拝への出席状況および宗教行事への参加姿勢」や「読書教育（読書点）」の達成度が加味されます。日々の生活態度や人間形成を軽視した生徒は推薦から除外される仕組みになっており、関学系属校の進路実績は、6年間の地道な学習と生活習慣の積み重ねによって担保されています。国公立大学や他大学への一般受験を目指す生徒向けの指導体制も整えられていますが、基本的には関学への進学を前提としたカリキュラムが組まれています。
