村上氏の学問的功績の中核にあるのは、科学史および科学哲学におけるパラダイムの転換です。かつての日本において「科学」は客観的で普遍的な絶対真理として盲信されがちでした。これに対し、村上氏はトマス・クーンの『科学革命の構造』などの海外の最新理論をいち早く紹介・分析し、科学もまた特定の時代や社会文化的な枠組み（パラダイム）に制約された「人間の営み」に過ぎないと論じました。
科学の知を閉じられた専門家の特権とするのではなく、一般社会や歴史の流れの中に位置づけ直す試みは、当時の学界に大きな衝撃を与えました。科学技術が万能であるという近代主義の幻想を鋭く解体し、「人間にとって科学とは何か」「科学者が負うべき社会的責任とは何か」を問い続ける姿勢は、現代のテクノロジー論の基盤となっています。
