大垣書店本店は、京都市北区の幹線道路である烏丸通沿いに位置しており、交通アクセスの良さも抜群です。
公共交通機関を利用する場合、京都市営地下鉄烏丸線「北大路駅」南改札口を出て、烏丸通を南へ徒歩約5分ほど。バス利用なら「烏丸北大路」停留所からすぐの立地です。京都駅や四条烏丸方面からも地下鉄1本でダイレクトにアクセスできます。
車での来訪者にとっても利便性が確保されています。店舗敷地内および提携スペースを含む専用駐車場が用意されており、一定金額以上の購入で無料駐車サービス券が発行されます。市街地でありながら車で立ち寄りやすい環境が整っている点は、まとめ買いをする読書家やファミリー層からも高く評価されています。