接種開始以降、医療現場や当事者から寄せられたコロナワクチン副反応報告は膨大な数に上ります。発熱や倦怠感といった一過性の症状にとどまらず、心筋炎・心膜炎、ギラン・バレー症候群、血栓症、持続する激しい疲労感や神経症状など、日常生活に重大な支障をきたす事例が公表されてきました。
これに伴い、国のセーフティネットである厚生労働省 予防接種健康被害救済制度への申請が急増しました。同制度における新型コロナワクチンの進達・認定件数は、これまでの歴史上の全ワクチン（天然痘や麻疹、インフルエンザなど）の累計認定数を短期間で上回る事態となっています。死亡一時金の給付認定も相次いでおり、国が「因果関係が否定できない」として公費による救済を認めた事例が積み上がっています。
行政の認定が進む一方で、因果関係の証明や補償基準の厳格さを巡って司法に場を移す動きも活発です。全国各地でワクチン後遺症訴訟が提起されており、国や製薬会社に対して情報開示の不備や健康被害への損害賠償を求める集団訴訟が進行しています。原告側は「リスクに関する十分な説明（インフォームド・コンセント）がないまま接種が推奨された」と訴えており、裁判の行方が今後の公衆衛生政策にも大きな影響を与えるとみられています。
