京都大学熊野寮に警察が突入する最大の理由は、寮内に極左過激派組織「中核派(革命的共産主義者同盟再蜂起派)」の全学連活動家が居住・潜伏していると公安警察が見なしているためです。何の前触れもなく突然警察が踏み込むわけではなく、必ず外部で発生した刑事事件の捜査に関連して裁判所から「家宅捜索令状」が発付されたタイミングで実施されます。
捜索のきっかけとなる主な事件の経緯は多岐にわたります。他大学への無断立ち入りによる建造物侵入、デモ行進時の公務執行妨害、運転免許証の虚偽更新といった詐欺容疑など、活動家学生が関与したとされる別件容疑を端緒に、関係先として熊野寮が指定されるパターンがほとんどです。
家宅捜索の頻度はおおむね年に1〜2回ペースで記録されており、政治的な緊張が高まる時期や全国的な警備強化の節目に集中する傾向があります。警察側としては「非合法活動の証拠品押収」や「組織の資金源・連絡ルートの解明」を名目に掲げていますが、実質的には組織への牽制や拠点の実態把握が狙いであるとみられています。