熊本県内の私立高校入試において、同校は明確な目標設定に応じた2つのコースを展開しています。受験生が志望校を決定する際、まず基準となるのがコースごとの学力水準と入試難易度です。
国公立大学や難関私立大学の現役合格をターゲットに据える東海大熊本星翔 特進コースの偏差値は52〜55前後で推移しています。熊本県内の私立高校特進クラスの中堅から上位に位置し、基礎学力を盤石にしたうえで応用力を鍛え上げるカリキュラムが特徴です。少人数制による手厚い個別指導や放課後・長期休暇中の特別補習が組まれており、塾や予備校に依存しすぎない学習環境が整備されています。
一方、高校生活と部活動を高度に両立させながら多様な進路を目指す総合進学コースの偏差値は44〜47前後が標準的な目安となります。基礎基本の定着を主眼に置き、東海大学への内部進学をはじめ、他私立大学、短期大学、専門学校、公務員・就職まで幅広い選択肢を視野に入れた柔軟な指導が行われています。
入試形態に関しては、1月に行われる東海大熊本星翔 推薦入試および専願入試と、2月に行われる一般入試の二段構えです。推薦入試では中学校長からの推薦と調査書（内申点）、面接、基礎学力検査が課されます。中学校時代の評定平均値が一定水準を満たしている場合、早期に進路を確定できるメリットがあります。また、学業成績やスポーツ実績が極めて優秀な生徒を対象とした特待生制度（奨学金給付や授業料減免）も用意されており、県内トップクラスの競技力を持つ中学生の獲得競争でも重要な役割を果たしています。
