万能に見える乾燥酵母だが、摂取にあたって留意すべきリスクが存在する。最たるものが「プリン体」の存在だ。酵母は細胞数が多いため、一般的な食品と比較しても比較的多くのプリン体を含んでいる。
健康な成人が規定量を服用する分には問題ないケースがほとんどだが、すでに高尿酸血症と診断されている人や、痛風の発作を起こした経験がある人は注意が必要だ。大量摂取によって尿酸値が上昇し、痛風発作を誘発する引き金になりかねない。また、体質によっては飲み始めに強いお腹の張り（腹部膨満感）や、ガスが溜まる症状を覚えることもある。これは腸内細菌叢が変化する過程で起こる一時的な反応である場合が多いが、不快感が続くようであれば服用を中止し、医師や薬剤師に相談する姿勢が欠かせない。
