2000年代に入ると、出版業界全体を襲った「活字離れ」と少子化の波が、児童漫画誌のシェア争いに決定的な差をもたらした。『月刊コロコロコミック』が全世代の小学生をターゲットにしたタイアップ戦略で盤石の体制を築く中、ややマニアックな路線を走っていたボンボンは苦戦を強いられることになる。
時代の変化に伴い、かつてのような数十万部規模の発行部数を維持することが困難になり、広告収入やメディアミックス展開のスケールメリットも縮小していった。この格差が決定打となり、26年の歴史に幕を閉じるという苦渋の決断を下さざるを得なかったのだ。
