丹精込めて育てた玉ねぎが期待通りの大きさに育たなかったり、春先に芯が固くなって食べられなくなったりする現象には、明確な栽培管理上の要因が存在します。ネット上のコミュニティや園芸相談窓口に寄せられるトラブル事例を精査すると、主な失敗パターンは以下の4点に集約されます。
第1の原因は、植え付け時の苗のサイズ選びの失敗です。「太くて立派な苗のほうが元気に育つ」と考え、鉛筆よりも太い苗（直径10mm以上）を選んで植え付けてしまうと、冬の低温に反応して早期に花芽を形成し、春先にトウ立ち（抽苔：ネギ坊主が出ること）を引き起こします。逆に、爪楊枝のように細すぎる苗（直径5mm未満）は、冬の寒さに耐えきれず根が浮き上がって枯死したり、球の肥大に必要な葉数を確保できなくなったりします。
第2の原因は、追肥のタイミングと施肥期間の誤りです。玉ねぎは冬の間にじっくり根を張り、春の気温上昇とともに葉を増やし、日長と気温の条件が整うことで一気に球を肥大させます。3月中旬以降になっても肥料を与え続けると、「止め肥（追肥の終了）」が遅れ、球が引き締まらずに葉ばかりが生い茂る「つるボケ」や、収穫後の腐敗の原因となります。
第3の原因は、植え付け時の「深植え」です。寒さから守ろうとして苗を深く埋めすぎると、成長点である葉の分岐部（株元）が土に埋まり、球が丸く太れずに細長いネギのような形状になってしまいます。適正な深さは根元から2〜3cmであり、浅植えを徹底することが綺麗な球形を作る鉄則です。
第4の原因は、土壌酸度の調整不足と排水不良です。玉ねぎは酸性土壌に極めて弱く、土壌pHが5.5を下回ると根の伸長が著しく阻害されます。加えて、水はけの悪い粘土質土壌では、梅雨時期の過湿によって灰色腐敗病などの病原菌が繁殖しやすくなります。
