ゴーストライター問題は、道義的責任にとどまらず泥沼の法的紛争へと発展しました。『交響曲第1番 HIROSHIMA』の全国ツアーを企画していた興行会社「サモンプロモーション」などは、公演中止に伴う莫大な損害を被ったとして、佐村河内氏側に対して損害賠償を求める訴訟を提起しました。
裁判では「佐村河内氏本人が作曲していないと知っていれば契約しなかった」とする興行主側の主張が全面的に認められ、大阪地方裁判所および高等裁判所において、佐村河内氏側に対し約5,600万円の損害賠償支払い命令が下されました。その後、最高裁でも上告が退けられ、佐村河内氏側の敗訴が確定しています。
また、日本音楽著作権協会（JASRAC）への登録作品についても信託契約が解除され、CDは出荷停止・回収措置が取られました。現在、一連の楽曲の著作権は正式に新垣隆氏の単独名義へと整理され、佐村河内氏に音楽著作権の印税が入る道は完全に絶たれています。
