宅急便コンパクトを利用するにあたり、避けて通れないのが「専用資材の調達」です。専用BOXのサイズと種類には、荷物の形状に合わせて使い分けられる2タイプが存在します。
ひとつ目は、厚みのある立体的な荷物に適した「専用BOX（通常型）」（外寸：縦20cm×横25cm×厚さ5cm）。もうひとつは、A4クリアファイルや書類、薄手の衣類に適した「専用薄型BOX」（外寸：縦24.8cm×横34cm）です。いずれも価格は1枚70円（税込）となっています。
これら専用箱の売ってる場所として最も身近なのがコンビニエンスストアです。セブン-イレブンやファミリーマートをはじめとするヤマト提携店舗のレジで購入を申し出れば、その場で1枚から手に入ります。もちろん、ヤマト運輸の直営営業所や公式オンラインショップ（クロネコマーケット等）でのまとめ買いも可能です。
購入時に戸惑いやすいのが、専用薄型BOXの組み立て方です。薄型BOXは両面テープ付きの封筒型資材ですが、マチ部分をきれいに立ち上げないと、中身を入れた際に封が閉じにくくなります。側面の折り筋（ガイドライン）をあらかじめ内側にしっかりと折り込んでから荷物を収め、フラップ部分の剥離紙を剥がして貼り合わせるのが、型崩れを防ぎ綺麗に梱包するコツです。
