御金神社は京都市内の中心部に位置する小規模な神社ながら、メディア露出や口コミの拡大により、日中は鳥居の外まで長蛇の列ができることがあります。特に土日祝日や巳の日、一粒万倍日などの吉日には、待ち時間が30分〜1時間以上に及ぶことも珍しくありません。
ここで知っておくべき最大のポイントは、境内の参拝時間は24時間開放（年中無休）されているという事実です。ただし、福財布やお守りの授与、御朱印の受付を行う社務所・授与所の営業時間は概ね10:00〜16:00（時期により18:00）に限られます。
混雑を回避して快適にお参りするための推奨時間帯は以下の通りです。
- お守り・福財布が欲しい場合：授与所受付開始前の午前9時30分前後に到着し、開所と同時に受ける。
- 純粋に参拝や銭洗いのみを行いたい場合：人通りが少なく静寂に包まれる早朝（6:00〜8:30）、またはライトアップされて黄金の鳥居が幻想的に浮かび上がる夜間（19:00以降）。
夜の境内は街灯と境内の明かりが鳥居の金箔を照らし出し、昼間とは一線を画す荘厳な雰囲気を味わえます。
