清教学園の進路実績を牽引しているのが、高校から設置されているS特進コースおよび中高一貫の特進ステージです。京都大学や大阪大学、神戸大学をはじめとする難関国公立大学へ毎年安定した合格者を輩出しており、清教学園高等学校の進学実績は大阪南部トップクラスを維持しています。
特筆すべきは、国公立大学のみならず私立大学への合格実績の厚みです。関関同立（関西学院・関西・同志社・立命館）への指定校推薦枠を豊富に保持しているだけでなく、一般選抜においても圧倒的な合格者数を叩き出しています。
同校の進路指導データによると、S特進コースでは早期から国公立二次試験を見据えた論述指導や個別添削が日常的に実施されており、これが現役合格率の高さに直結しています。推薦枠に安住することなく、一般入試で一般難関大を突破する実力を養成するカリキュラムが機能しています。
