特任准教授の給料は、所属する大学や研究プロジェクトの財源によって大きく変動しますが、一般的な年収相場は500万円〜750万円程度に収まるケースが多数を占めます。月額換算ではおよそ40万円〜60万円前後の支給水準です。
かつての国立大学教官のようにみなし公務員の給与体系に準拠していた時代から変化し、現在の特任教員はほぼ例外なく「年俸制」が適用されます。あらかじめ定められた総支給額を12分割して毎月支給する形式が一般的で、職階としてのステータスは高く見えても、手取り額は同年代の一般企業勤務者や専任教員と比べて控えめにとどまるケースが少なくありません。
特に大型の競争的研究費（CRESTやNEDOプロジェクトなど）に雇用されている場合は年収700万〜800万円に達することもありますが、大学の経常費から細々と捻出されているポジションでは年収450万〜500万円台にとどまる例もあり、同じ「特任准教授」という肩書でも個々の研究室や予算規模による格差が際立ちます。
