近年のトレンドである「ヒレ長（スワローや松井ヒレ長など）」や「ラメ系統」のメダカは、従来の判別方法が通用しにくい。ヒレ全体が長く伸びるため、オスの切れ込みやメスの台形といった特徴が変形してしまうからだ。また、全身が強く光る品種は光の反射でヒレの境界線が見えにくくなる。
こうした難関品種を判別する際は、成長を待つことが鉄則となる。生後2〜3ヶ月の若い個体ではプロでも見誤ることがあるため、ある程度成熟し、体長が3センチ近くになってから観察するのが望ましい。また、尻びれの軟条（ヒレの筋）の数や密度をルーペで観察するマニアックな手法も取られている。
