SuicaやPASMOなどの交通系ICカードに慣れ親しんだユーザーが混同しやすいのが、Apple Pay nanacoのオートチャージに関する仕様です。
結論から述べると、ウォレットアプリに登録した一般的なクレジットカードによる「自動判定オートチャージ」は機能しません。nanacoにおけるオートチャージは、セブンカード・プラスを紐付けた上で、セブン-イレブンやイトーヨーカドーのレジ等で決済した際に「判定金額を下回っていた場合のみ自動実行される」という独自の仕組みになっています。
しかし、Apple Pay環境下においては、残高が減った段階でiPhoneの画面からFace IDを用いて即座に都度チャージが可能です。そのため、あえて複雑なオートチャージ設定を行わずとも、日常的な利用において決済が滞る心配は実質的に解消されています。