事件は大学内部の問題にとどまらず、法的な追及へとフェーズを移行させた。関係機関からの刑事告発を受け、警視庁の捜査担当部署が本格的な実態解明に乗り出した。複数の関係者宅や関係先への家宅捜索が電撃的に実施され、押収された資料の解明が進められている。
捜査の焦点は、個別の違法行為にとどまらない。組織的な関与や隠蔽工作、さらには行政手続きをめぐる不正の有無にまで及んでいる。法令遵守を厳しく求められる教育機関において、なぜこれほどまでに法規範を軽視した泥沼の事態が放置されたのか。捜査関係者の証言によれば、名門の威光を傘に着た圧力が警察当局の初期対応すら遅らせていた疑いがあり、当局の本気度が試されている。