南果歩の人生における大きな転換点となったのが、二度の結婚と離婚劇です。いずれのパートナーも時代の寵児であり、その別れにはメディアの耳目を集めた複雑な真相が存在します。
辻仁成との結婚と別れ（1995年〜2000年）
1995年、ロックバンド「ECHOES」のボーカルから芥川賞作家へと華麗な転身を遂げていた辻仁成と結婚。同年には待望の長男が誕生し、文化的な理想のカップルとして羨望を集めました。しかし、2000年3月に約5年の婚姻生活に終止符を打ちます。
離婚の背景には、双方の多忙による生活のすれ違いに加え、創作活動に没頭する辻のライフスタイルと家庭運営との軋轢があったと報じられています。南果歩は潔く親権を引き受け、シングルマザーとして女優業と子育ての両立に挑む道を選びました。
渡辺謙との再婚と終焉（2005年〜2018年）
2005年12月、ドラマ共演をきっかけに交際を深めていた世界的名優・渡辺謙と再婚。当時、渡辺謙は前妻との泥沼の離婚裁判を終えた直後であり、ハリウッド映画『ラスト サムライ』で世界的スターダムへ駆け上がる真っ只中でした。南果歩は拠点をロサンゼルスやニューヨークにも置き、流暢な英語を操りながら渡辺の国際的キャリアを陰で支え続けました。
しかし、2016年に南果歩のステージ1の乳がん発覚、さらには渡辺の胃がん闘病と、夫婦で命の危機を乗り越えた矢先の2017年春、週刊誌により渡辺謙と一般女性とのニューヨーク密会不倫がスクープされます。自著や当時の報道で明かされたところによると、闘病中における夫の裏切りは、南果歩の心身に計り知れない打撃を与えました。
1年以上の話し合いを経て、2018年5月に離婚が成立。都内に建設された推定数十億円とも言われる豪邸の権利関係や清算についても大きな話題となりましたが、彼女は財産問題以上に「人としての尊厳と心の平穏」を取り戻すための決断を下したといえます。
