金山駅を利用する旅行者や通勤客がつまずきやすい最大の要因は、名古屋市営地下鉄名城線と名港線が複雑に絡み合う独特の運転系統とホーム構造にあります。
金山駅は、日本初の地下鉄環状線である名城線（M01）と、名古屋港へと延びる名港線（E01）の起点・分岐点です。地下2階にある地下鉄ホームは2面4線の構造となっており、方面ごとに以下のように割り振られています。
・1番線・2番線（栄・大曽根・本山方面／右回り・左回り）
・3番線（新瑞橋・八事方面／左回り）
・4番線（東海通・名古屋港方面／名港線）
特に混乱を招きやすいのが栄方面へ向かう1番線・2番線です。同じホームの両側に電車が入線するため、案内表示をよく見ずに飛び乗ると、目的地を大きく迂回するルートに入ってしまうリスクがあります。また、名古屋港方面へ向かう名港線は昼間時間帯に名城線栄方面からの直通運転を行っており、ダイヤ設定を知らない利用者が「名城線に乗ったはずが名古屋港に着いてしまった」と錯覚するトラブルも散見されます。移動前には金山駅名港線時刻表や発車標の行先表示（「栄・大曽根方面」か「名古屋港行」か）を必ず目視で確認する習慣が不可欠です。
