近年ブームとなっているヒカリ体型、ダルマ体型、ロングフィン（ヒレ長）といった改良メダカの性別確認には特有の難しさがあります。
例えば「ヒカリ体型」のメダカは、背中側にも腹側の特徴（グアニン層）が現れる突然変異固定種であるため、背ビレが尻ビレと同じように大きく発達し、切れ込みが確認しづらくなります。また「ダルマ体型」では脊椎の縮小によって内臓が圧迫され、オスでも腹部が風船のように丸く膨らむため、体型での判別がほぼ通用しません。これらの特殊個体では、尻ビレ前端の軟条にある微小な「小棘（突起）」の有無や、腹ビレの長さで細かくチェックする専門技術が求められます。
また、飼育者の多くが悩むメダカ稚魚の性別判別についてもネット上には誤った情報が散見されます。「生後2週間の針子（稚魚）でも色や泳ぎ方で判別できる」という俗説がありますが、これは生物学的に不可能です。メダカの二次性徴がヒレに発現するのは体長がおよそ2cm前後、生後1.5〜2ヶ月を経過した「若魚（わかうお）」の段階からです。稚魚期に無理に掬い出して観察することは、水質変化やスレ傷による大量死を招くため絶対に避けるべきです。
