身体に優しいイメージが強い極上の甘味料だが、決して万能薬ではない。万人が知っておくべき「隠されたデメリット」や注意点も厳然と存在する。まず第一に、体にいいからといって「いくら食べても太らない」わけではない。1gあたりのカロリーや基本成分の大半はショ糖（糖質）であり、白糖と極端なカロリー差があるわけではないのだ。
また、お腹が緩くなりやすい体質の人にとっては、一度に大量のオリゴ糖を摂取することで腹部膨満感や下痢を引き起こすリスクがある。さらに、精製度が低い製品特有のコクや風味、茶色い色は、繊細な白身魚の煮物や真っ白に仕上げたい製菓においては味や見た目に影響を与える場合もある。価格面でも白糖よりやや高価であるため、コストパフォーマンスとの兼ね合いを見極める必要がある。
