フッ化水素酸が持つ最も凶悪な性質の一つが、低濃度溶液における「遅発性（潜伏期間）」です。高濃度（50%以上）のフッ酸に触れた場合は直ちに激痛と白濁壊死が生じますが、20%以下の低濃度溶液や気体が皮膚に付着した場合、付着した直後は赤みも痛みもほとんど感じられません。
「少しかかっただけだが、痛くないから水で軽く流して放置した」結果、数時間から24時間以上経過した深夜になってから深部組織が破壊され尽くし、耐え難い激痛とともに皮膚が黒色壊死して爪が脱落、外科的手術による指の切断や広範囲のデブリードマン（壊死組織切除）を余儀なくされるケースが後を絶ちません。
日本国内の大学研究室や医療現場でも、この遅発性と危険性の認識不足に起因する重大事故が複数記録されています。
北海道大学の実験室において、実験作業中にフッ化水素酸を浴びた大学院生が搬送された事故では、発生直後は会話も可能で「命に別状なし」「軽傷」と初期報道されたにもかかわらず、皮膚から吸収されたフッ化物イオンが血中へ移行し、同日夕刻に容態が急変して死亡が確認されました。表面的な火傷面積が手のひらサイズ程度（体表面積のわずか数％）であっても、全身性の低カルシウム血症に陥れば成人が死に至るという冷厳な事実を突きつけています。
さらに、医療史における最大の過誤事件として知られるのが「八王子歯科医院フッ酸誤塗布事件」です。虫歯予防の目的で小児の歯に塗布すべきであった「フッ化ナトリウム（NaF・毒劇法上の劇物）」の代わりに、歯科材料薬品業者の誤納品と歯科医師の確認不足により、猛毒の「フッ化水素酸（HF・医薬用外毒物）」が女児の口腔内に塗布されました。
劇薬を塗布された女児は直後に「苦い、熱い」と叫んで激しく暴れ、口腔粘膜の化学熱傷と急性フッ素中毒による心不全を起こして命を落としました。関係者の刑事責任が追及されるとともに、薬品の受領時・使用時における「SDS（安全データシート）」およびラベル照合の徹底が社会全体に強く義務付けられる転換点となりました。
また、気体であるフッ化水素ガスの吸入危険性も見逃せません。気体をわずかでも吸入すると、気道粘膜の水分と反応してフッ酸に変化し、喉の灼熱感、声門浮腫、気管支痙攣を引き起こします。曝露後12〜24時間を経て重篤な急性肺水腫が発症し、肺胞でのガス交換が不能となって窒息死に至る危険性があります。
